为加强科研制度管理，发挥科研管理制度导向作用，进一步调动广大师生员工科研工作积极性和创造性，提升学院科技创新与服务社会能力，为建设地方技能型高水平大学提供有力支撑，院学术委员会对原先制定的《合肥职业技术学院科研项目管理暂行办法》、《合肥职业技术学院科研经费管理暂行办法》、《合肥职业技术学院科研成果登记与奖励暂行办法》等科研管理制度重新进行了修订。新修订的科研管理制度与之前制度对比有以下五大变化：
一是科研成果奖励力度显著增大。新修订的《合肥职业技术学院科研成果登记与奖励暂行办法》中学术论文、获奖成果、授权专利、著作等成果的奖励标准较过去文件对应标准均有不同程度的提高，尤其是高水平有影响力的科研成果奖励标准大幅度提高。如国家发明专利、实用新型专利、外观设计专利的奖励标准是过去奖励标准的10倍、5倍、3.75倍。再如国家级科研成果一等奖、二等奖、三等奖的奖励标准提高到50万元、30万元、15万元，省部级科研成果特等奖、一等奖、二等奖、三等奖的奖励标准提高到20万元、10万元、5万元、2万元，地市级科研成果一等奖、二等奖、三等奖的奖励标准提高到3万元、2万元、1万元。此外，为了加强应用性研究、加强社会服务，新增了“科研成果推广与应用”奖项。
二是研究经费资助额度明显增加。新修订的《合肥职业技术学院科研经费管理暂行办法》除了明确对有科研经费支持的纵向科研项目按照上级文件精神给予配套经费支持外，对无经费支持的纵向科研项目按项目级别给予4000元至5万元不等的科研经费资助。课题研究经费的资助额度较过去有了明显的提高，并且在自然科学研究项目经费资助方面还给予适当倾斜。
三是研究经费使用更加严格规范。修订后的《合肥职业技术学院科研经费管理暂行办法》明确规定：“凡以合肥职业技术学院名义取得的各类科研经费，不论其资金来源渠道，均为学校收入，必须全部纳入学校财务统一管理”，“科研项目经费列支范围为项目研究开发经费，包括：设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、差旅费、会议费、合作与交流费、出版物/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费、以及直接用于科研项目的其它支出（具体项目经费列支范围及相关标准以国家及地方政府出台的有关科研经费管理文件为准）”。所列科研经费支出科目均为国家有关科研经费管理文件中明确的内容，这对于预防科研经费截留、挪用现象发生，依法依规使用科研经费非常重要。
四是横向课题政策支持更加有力。修订后的《合肥职业技术学院科研项目管理暂行办法》和《合肥职业技术学院科研经费管理暂行办法》均有支持横向课题研究的相关条文，如“学校鼓励科研人员或部门争取学校预算外的科研项目经费，并对争取到预算外科研项目经费，按经费总额的5%提取管理费给科研人员所属部门，用于科研项目管理”，“为鼓励教师和科研人员积极开展横向研究，在横向科研项目研究工作完成后，剩余经费提取70%奖励课题组，剩下的30%由课题组用于其他项目研究，学校近几年暂不提取管理费”，对横向课题研究支持措施非常具体，可操作性强。
五是学术不端行为处罚力度加大。新修订的《合肥职业技术学院科研项目管理暂行办法》明确规定:“在项目申报或研究过程中有弄虚作假、伪造数据行为者”，“因主观因素导致科研项目未按时完成或完成质量较差，对学校声誉造成不良影响者”，有关责任人3年内不得以项目负责人身份申报新项目,该规定是贯彻落实教育部《关于切实加强和改进高等学校学风建设的实施意见》的重要举措之一，加大了对课题申报与研究过程中学术造假、学风不正、科研态度不端正的处罚力度。
